这部戏剧讲述的是中国历史上最混乱、最无奈的时代。故事中,黑旗军首领刘永福与故乡昔日红颜方蓉芝见面,回忆往事,感慨万千。刘永福为了自己而给方蓉芝一家带来的巨大灾难感到后悔。晚清年间,广西河水泛滥,洋人横行,官府腐败无能,民不聊生。官逼民反,刘永福和患难兄弟邓阿富参加了广西的天地会,并与堂主莫青衣和王堂主一起发动街头武装暴动,但失败了。刘永福被俘,身陷囹圄。后来得到广西总兵桂子瑞的帮助,莫青衣和邓阿富将刘永福救出。官府对天地会展开了严密通辑,刘永福等人被迫移师德州境内,继续惩罚恶霸,帮助乡民,受到民众的拥戴。刘永福拥有了自己的军队——黑旗军。黑旗军训练有素,帮助吴舵主率领的天地会成员攻打归顺城,但不久城被清军围困,刘永福率部突围来到中越边境的偏僻山区安南,从此开始了一系列惊险的冒险。