这一季的故事延续了上一季的情节。忍者们离开了神秘岛,但是妮雅的水系元素突然失去了控制。在寻找原因时,他们收到了来自海底的一个能量波,于是冒险闯入了深达五千英尺的无尽大海神殿。在那里,他们遇到了许多海怪(莫罗匹恩人),由章鱼怪特里玛领导着。然而,特里玛的儿子卡尔玛却心怀恶意,他想用两个护身符(风暴护身符和海浪护身符)来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”,制造混乱。为了达成计划,卡尔玛杀死了自己的父亲,并嫁祸给忍者们。随后,他得到两个护身符,唤醒了沃杰拉,导致忍者城被大水淹没,居民们处境危险。幸运的是,本多玛打碎了卡尔玛的权杖,让他失去了对沃杰拉的控制,最终被沃杰拉吞食。为了战胜沃杰拉,妮雅不顾自己的安危,与海洋融为了一体,并最终成功击败了沃杰拉。妮雅还带着海水离开了忍者城,留在了海水中。