本季故事从墓地开始,HoratioCaine正在教堂向神父告解,突然传来了枪声。虽然最终解决了案件,但也为本季的大结局做了铺垫。而在本季,一些CSIer们也经历了不同的故事,如EricDelko被卷入大麻事件,引发内部调查;RyanWolfe遭针子射伤眼睛,视力受到影响。HoratioCaine也在这一季认识了Eric的姐姐Mari,最终两人结为夫妻。但本季的主线是实验室出现了内鬼,而谁才是真凶还让实验室内的人们备受困扰。最终,内鬼在第25集中露面。第25集也为下一季埋下伏笔,因为第1集中出现的黑帮为了向Horatio报仇,谋杀了他的妻子。而因为FBI的介入,黑帮成员被押送到了巴西。为了让他们受到应有的惩罚,Horatio和Eric决定随行前往。