本片为《攻壳机动队》前传系列作品“ARISE”的第二部,故事主要围绕公安九课的少校草薙素子展开。素子接受课长荒卷大辅的指示,开始外出调查运输机被神秘并机的事件。然而在途中遭到武装分子巴特率领的袭击,同时全国的交通管制系统也遭遇意外瘫痪。这一切的原因在于前七八联合部队长官曾我和哉的行动,他试图通过网络揭露国家的丑行,却因制造难民虐杀事件而遭到国家指控。曾我的下属坚信这是国家的阴谋,而曾我本人则不甘被污名化,因此更加坚定地试图揭露真相。素子在调查过程中逐渐发现了事实的真相,也开始朝着组建自己的部队迈出重要的一步。